Najlepšie programy na e-Fakturáciu na Slovensku

Od 1. januára 2027 bude elektronická fakturácia (e-Fakturácia) povinná pre všetky firmy aj SZČO na Slovensku. Už dnes je preto dôležité začať myslieť na to, aký fakturačný softvér vám prechod uľahčí. Prinášame vám prehľad najlepších e-fakturačných riešení, ktoré vám pomôžu pripraviť sa včas.

Hlavné zistenia

Ako si vybrať e-fakturačný softvér?

Predstavte si, že vystavíte faktúru online na pár klikov, zákazník ju okamžite dostane e-mailom, údaje sa automaticky odošlú cez sieť Peppol a zároveň sa spárujú s platbou na vašom bankovom účte. Žiadne zdĺhavé prepisovanie údajov do Excelu, žiadne chyby a hlavne vždy prehľad o tom, čo už bolo zaplatené a čo ešte čaká. Presne toto prinášajú moderné e-fakturačné programy.

Pri výbere správneho softvéru sa oplatí zamerať na niekoľko kľúčových vlastností:

• Legislatívna pripravenosť – softvér musí podporovať štruktúrovaný formát podľa EN 16931 / Peppol BIS.
• Jednoduchosť používania – faktúra na pár klikov, bez manuálov.
• Možnosti integrácie – prepojenie s účtovníctvom, bankou či skladom.
• Automatizácia procesov – opakované faktúry, upomienky či párovanie platieb.
• Reporting –  prehľad o príjmoch a výdavkoch, pohľadávkach a ziskovosti.
• Podpora a bezpečnosť – spoľahlivá zákaznícka starostlivosť a ochrana dát.

Náš tip: Zatiaľ neexistuje finálne schválený zákon špecificky upravujúci e-fakturáciu na Slovensku (stav k 9/2025). Podrobnosti k povinným náležitostiam sa budú riadiť zákonom o DPH a zákonom o účtovníctve. Presné technické a procesné podmienky e-fakturácie zverejňuje Finančná správa SR priebežne vo svojich metodických materiáloch.

TOP 6 e-Fakturačných systémov pre firmy a živnostníkov

1. FLOWii

FLOWii patrí medzi najflexibilnejšie slovenské e-fakturačné riešenia. Okrem fakturácie ponúka CRM, projektový manažment, sklad či dochádzku. E-fakturácia vo FLOWii spĺňa legislatívne požiadavky, umožňuje zálohové a opakované faktúry, automatické upomienky a prepojenie s bankou. Podnikatelia získajú jasný prehľad o podnikových financiách rýchlo a jednoducho.

Výhody FLOWii

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Automatické upomienky a párovanie platieb s bankou
• Prehľad o financiách a cash flow
• Prepojenie mini ERP, s projektovým riadením a skladom
• Výhodná cena

Nevýhody FLOWii

• Chýba mobilná aplikácia (ponúka responzívnu mobilnú aj webovú verziu)
• Riešenie nie je vhodné pre veľké firmy

Recenzie FLOWii
archstyl: “FLOWii je veľkým prínosom nielen v organizácii, ale prináša poriadok a prehľad vo všetkých financiách a aktivitách firmy.”

Zákazníci FLOWii

• Veľkosť firmy: mikro, malá až stredná firma (1–50 zamestnancov).
• Odvetvia: stavebníctvo, výroba, obchod a e-shopy, freelanceri, služby (IT, marketing, účtovníctvo, poradenstvo), doprava a logistika.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko, Maďarsko.

2. iDoklad

iDoklad je slovenský e-fakturačný program určený najmä pre živnostníkov a malé firmy, ktoré potrebujú rýchlo a jednoducho vystavovať faktúry online. Ponúka prehľad o platbách, párovanie s bankou, vystavovanie zálohových a opakovaných faktúr, generovanie QR kódov pre rýchle platby, automatické odosielanie upomienok a prehľadné štatistiky.

Výhody iDoklad

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Mobilná aplikácia 
• Prehľadné štatistiky a reporty
• Vystavenie viacerých druhov faktúr

Nevýhody iDoklad

• Nevhodné pre stredné a väčšie firmy
• Menej funkcií mimo fakturácie
  

Recenzie iDoklad

Pavel S.: “S iDoklad pracujeme už niekoľko rokov. Úplná spokojnosť, postupne podľa našich skúseností pridávajú nové praktické funkcie. Môžeme len vrelo odporučiť!”

Zákazníci iDoklad

• Veľkosť firmy: mikro a malé firmy, živnostníci (1–15 zamestnancov).
• Odvetvia: služby (účtovníctvo, marketing, poradenstvo), remeselníci, freelanceri.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

3. SuperFaktúra

SuperFaktúra je známe slovenské e-fakturačné riešenie, obľúbené najmä medzi freelancermi, malými e-shopmi a firmami. Okrem fakturácie zvláda sledovať náklady, spracovávať online platby, posielať upomienky a integruje sa s e-shopmi aj účtovnými systémami.

Výhody SuperFaktúra

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Automatické upomienky a platby
• Mobilná aplikácia
• Prepojenie s e-shopmi a účtovníctvom
• Evidencia nákladov a výdavkov

Nevýhody SuperFaktúra

• Neponúka bezplatnú verziu (pokročilé funkcie len v platených balíkoch)
• Obmedzené funkcie mimo fakturácie a nákladov

Recenzie SuperFaktúra
Kajo M.: “Prehľadná moderná aplikácia na vystavovanie faktúr. Oceňujem aj funkcie ako predbežný výpočet dane alebo počítanie obratu za 12 mesiacov. Úplná spokojnosť, že som prešiel na tento softvér. ”

Zákazníci SuperFaktúra

• Veľkosť firmy: mikro a malé firmy, živnostníci (1–20 zamestnancov).
• Odvetvia: služby (účtovníctvo, marketing, poradenstvo), remeselníci, freelanceri, malé e-shopy.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

4. Pohoda

Pohoda je československý účtovný softvér, ktorý v sebe integruje aj modul elektronickej fakturácie. Je ideálna pre firmy, ktoré potrebujú komplexný systém na účtovníctvo, fakturáciu, sklad aj mzdy. Všetko z jedného miesta a v súlade s platnou legislatívou.

Výhody Pohoda

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Podpora zálohových a opakovaných faktúr
• Evidencia skladov a tovaru
• Prepojenie s mzdami a účtovníctvom

Nevýhody Pohoda

• Zložitejšie ovládanie (Menej intuitívne mobilné riešenie)
• Menej vhodné riešenie pre freelancerov a mikro firmy

Recenzie Pohoda

DAJONA.: “Mám skúsenosti už s viacerými účtovnými programami, ale POHODA je skutočne super, cenovo prístupná pre každého a taktiež veľmi dobrá komunikácia so zákazníckym centrom v prípade potreby. ”

Zákazníci Pohoda

• Veľkosť firmy: malé, stredné aj väčšie firmy (5–100 zamestnancov).
• Odvetvia: účtovníctvo, výroba, obchod, služby, neziskové organizácie
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

5. KROS

KROS patrí medzi slovenských dodávateľov účtovného a ekonomického softvéru a ponúka aj riešenie e-fakturácie. E-faktúry sa dajú vystavovať priamo v systémoch OMEGA alebo ONIX, pričom sú prepojené s účtovníctvom, skladom a ďalšími oddeleniami. Podnikatelia tak získajú kompletný prehľad o príjmoch, výdavkoch a cash flow.

Výhody KROS

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Množstvo integrácii (účtovníctvo, sklad)
• Automatické účtovanie vystavených dokladov
• Elektronická archivácia faktúr
• Možnosť prepojenia s bankou a online platbami

Nevýhody KROS

• Zložitejšie ovládanie oproti jednoduchým online riešeniam
• Vyššia cena licencií a pravidelných aktualizácií
• Menej vhodné riešenie pre freelancerov a mikro firmy

Recenzie KROS

Lenka L..: “KROS je podľa mňa super voľba pre účtovníkov. Všetko mám pokope – faktúry, účtovníctvo, sklad aj prehľady a funguje to spoľahlivo. ”

Zákazníci KROS

• Veľkosť firmy: malé, stredné aj väčšie firmy (5–100 zamestnancov).
• Odvetvia: účtovníctvo, výroba, obchod, služby.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

6. MoneyERP

MoneyERP ponúka plne integrovanú e-fakturáciu s automatickou kontrolou údajov, prepojením na účtovníctvo, sklad a banku. Umožňuje vystavovanie a odosielanie faktúr, párovanie platieb a jednoduchú archiváciu dokladov. Okrem toho je to komplexné ERP riešenie, ktoré pokrýva riadenie financií, skladov, zákaziek aj procesov vo firme.

Výhody MoneyERP

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Množstvo integrácii (účtovníctvo, sklad, výroba)
• Súčasť komplexného ERP riešenia
• Automatizácia faktúr, platieb a archivácie

Nevýhody MoneyERP

• Nevhodné pre mikro a malé firmy
• Vyššia cena oproti jednoduchším riešeniam
• E-fakturácia v balíku s ostatnými službami

Recenzie MoneyERP

Pema Car..: “MoneyERP pomohol veľkoobchodu a e-shopu s autopríslušenstvom zautomatizovať sklad a fakturáciu pri každej položke. Predajcovia si pochvaľujú rýchle zadávanie objednávok a konateľ má všetky dáta vždy poruke. ”

Zákazníci MoneyERP

• Veľkosť firmy: stredné aj väčšie firmy (15–200 zamestnancov).
• Odvetvia: výroba, obchod, služby, účtovníctvo, distribúcia, e-shopy
• Pôsobenie: Slovensko, stredná Európa

Aké funkcie by mala mať e-fakturácia?

Profesionálny e-fakturačný softvér je navrhnutý tak, aby šetril čas, znížil chybovosť a splnil legislatívne požiadavky. Okrem samotného vystavenia faktúr by mal ponúkať aj pokročilé funkcie, ktoré podnikateľom uľahčujú každodennú prácu.

Hlavné funkcie e-fakturácie:

• Automatická kontrola údajov a súlad s legislatívou
• Bezpečný prenos faktúr cez šifrovanie
• Reporty a odosielanie dát v reálnom čase
• Podpora viacerých mien a jazykov pre zahraničné faktúry
• Prepojenie s účtovníctvom a ERP systémami
• Rôzne možnosti úhrad vrátane online platieb
• Flexibilita pri plnení pravidiel v rôznych krajinách

Vedľajšie funkcie e-fakturácie:

• Automatické upomienky pri nezaplatených faktúrach
• Generovanie QR kódov pre rýchle platby
• Evidencia a archivácia dokladov v digitálnej podobe
• Možnosť vystavovania zálohových a opakovaných faktúr
• Prepojenie s bankovými účtami a párovanie platieb
• Prehľadné štatistiky a reporting cash flow
• Integrácia s e-shopmi a skladovým hospodárstvom
• Mobilný prístup k fakturácii

Koľko stojí e-fakturácia? Bezplatné a platené riešenia

Bezplatné riešenia
Mnohé e-fakturačné programy ponúkajú bezplatný balík so základnými funkciami. Sú vhodné najmä pre živnostníkov alebo menšie firmy, ktoré potrebujú len rýchlo vystaviť a odoslať faktúru bez pokročilých integrácií.

E-fakturáciu zadarmo vám ponúka aj FLOWii, ktoré okrem fakturácie prináša aj ďalšie užitočné nástroje pre podnikanie.

Platené riešenia
Platené verzie prinášajú viac možností. Automatizované upomienky, prepojenie s účtovníctvom, bankou či skladom, reporting a zákaznícku podporu. Cena sa zvyčajne pohybuje od 5 do 30 eur mesačne podľa rozsahu funkcií a počtu užívateľov.

Ako prejsť na e-faktúru na Slovensku?

Tu je krátky návod ako plynulo prejsť na slovenskú e-fakturáciu:

1. Overte si, či váš aktuálny fakturačný program online podporuje e-fakturáciu vo formáte podľa EN 16931 a komunikáciu cez Peppol alebo cez certifikovaného poskytovateľa doručovacej služby.
2. Ak nie, vyberte si nový e-fakturačný program, ktorý je kompatibilný s požiadavkami Finančnej správy.
3. Nastavte v ňom firemné údaje, bankové spojenie a DPH údaje podľa legislatívy.
4. Otestujte vystavenie a odosielanie e-faktúr v elektronickom formáte (XML/UBL/CII XML).
5. Zabezpečte archiváciu faktúr v súlade so zákonom.
6. Zaškolte zamestnancov a účtovníkov, aby vedeli e-faktúry správne vystavovať a spracovávať.

Hlavné závery

Výber správneho e-fakturačného softvéru závisí od veľkosti firmy aj od konkrétnych potrieb. Iné riešenie bude vyhovovať účtovníkom a väčším spoločnostiam, iné zase živnostníkom či menším firmám, ktoré hľadajú jednoduché a rýchle riešenie. Tu sú hlavné odporúčania na najlepšie e-fakturačné programy na Slovensku:

Veríme, že vám tento článok uľahčí prípravu a držíme palce pri hladkom prechode z bežnej na elektronickú fakturáciu. Aj keď je e-fakturácia stále vo fáze príprav, dostupné informácie sú zatiaľ len predbežné a môžu sa zmeniť.

Overené k 17. 4. 2026

FAQ - Najčastejšie otázky podnikateľov o e-fakturácii