Najlepšie programy na e-Fakturáciu na Slovensku (2026)

Od 1. januára 2027 bude e-fakturácia povinná pre všetky firmy, ktoré sú platcami DPH na Slovensku. Prijímať ich budú musieť všetky firmy aj SZČO bez registrácie na DPH. Už dnes je preto dôležité začať myslieť na to, aký fakturačný softvér vám prechod uľahčí. Prinášame vám prehľad najlepších e-fakturačných riešení, ktoré vám pomôžu pripraviť sa včas.

Hlavné zistenia

Ako si vybrať e-fakturačný softvér?

Predstavte si, že vystavíte faktúru online na pár klikov, zákazník ju okamžite dostane e-mailom, údaje sa automaticky odošlú cez sieť Peppol a zároveň sa spárujú s platbou na vašom bankovom účte. Žiadne zdĺhavé prepisovanie údajov do Excelu, žiadne chyby a hlavne vždy prehľad o tom, čo už bolo zaplatené a čo ešte čaká. Presne toto prinášajú moderné e-fakturačné programy.

Pri výbere správneho softvéru sa oplatí zamerať na niekoľko kľúčových vlastností:

• Legislatívna pripravenosť – softvér musí podporovať štruktúrovaný formát podľa EN 16931 / Peppol BIS.
• Jednoduchosť používania – faktúra na pár klikov, bez manuálov.
• Možnosti integrácie – prepojenie s účtovníctvom, bankou či skladom.
• Automatizácia procesov – opakované faktúry, upomienky či párovanie platieb.
• Reporting –  prehľad o príjmoch a výdavkoch, pohľadávkach a ziskovosti.
• Podpora a bezpečnosť – spoľahlivá zákaznícka starostlivosť a ochrana dát.

Náš tip: Elektronická fakturácia je upravená novelou zákona o DPH, konkrétne zákonom č. 385/2025 Z. z. Technické a procesné podmienky Finančná správa priebežne dopĺňa vo svojich metodických materiáloch. 

TOP 6 e-fakturačných systémov pre firmy a živnostníkov

Všetky porovnávané riešenia podporujú e-fakturáciu cez sieť Peppol.

1. FLOWii

FLOWii patrí medzi najflexibilnejšie slovenské e-fakturačné riešenia. Okrem fakturácie ponúka CRM, projektový manažment, sklad či dochádzku. E-fakturácia vo FLOWii spĺňa legislatívne požiadavky, umožňuje zálohové a opakované faktúry, automatické upomienky a prepojenie s bankou. Podnikatelia získajú jasný prehľad o podnikových financiách rýchlo a jednoducho.

Kompletný prehľad fungovania e-fakturácie vo FLOWii nájdete v tomto článku. Detailný návod, ako e-fakturáciu vo FLOWii nastaviť a spustiť, nájdete v našom manuáli.

Výhody FLOWii

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Automatické upomienky a párovanie platieb s bankou
• Prehľad o financiách a cash flow
• Prepojenie mini ERP s projektovým riadením a skladom
• Výhodná cena

Nevýhody FLOWii

• Chýba mobilná aplikácia (ponúka responzívnu mobilnú aj webovú verziu)
• Riešenie nie je vhodné pre veľké firmy

Recenzie FLOWii
Archstyl: “FLOWii je veľkým prínosom nielen v organizácii, ale prináša poriadok a prehľad vo všetkých financiách a aktivitách firmy.”

Zákazníci FLOWii

• Veľkosť firmy: mikrofirma, malá až stredná firma (1–50 zamestnancov).
• Odvetvia: stavebníctvo, výroba, obchod a e-shopy, freelanceri, služby (IT, marketing, účtovníctvo, poradenstvo), doprava a logistika.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko, Maďarsko a Spojené štáty.

2. iDoklad

iDoklad je slovenský e-fakturačný program určený najmä pre živnostníkov a malé firmy, ktoré potrebujú rýchlo a jednoducho vystavovať faktúry online. Ponúka prehľad o platbách, párovanie s bankou, vystavovanie zálohových a opakovaných faktúr, generovanie QR kódov pre rýchle platby, automatické odosielanie upomienok a prehľadné štatistiky.

Výhody iDokladu

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená so sieťou Peppol (podľa normy EN 16931)
• Mobilná aplikácia 
• Prehľadné štatistiky a reporty
• Vystavenie viacerých druhov faktúr

Nevýhody iDokladu

• Nevhodné pre stredné a väčšie firmy
• Menej funkcií mimo fakturácie
  

Recenzie iDokladu

Pavel S.: “S iDoklad pracujeme už niekoľko rokov. Úplná spokojnosť, postupne podľa našich skúseností pridávajú nové praktické funkcie. Môžeme len vrelo odporučiť!”

Zákazníci iDokladu

• Veľkosť firmy: mikro a malé firmy, živnostníci (1–15 zamestnancov).
• Odvetvia: služby (účtovníctvo, marketing, poradenstvo), remeselníci, freelanceri.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

3. SuperFaktúra

SuperFaktúra je známe slovenské e-fakturačné riešenie, obľúbené najmä medzi freelancermi, malými e-shopmi a firmami. Okrem fakturácie zvláda sledovať náklady, spracovávať online platby, posielať upomienky a integruje sa s e-shopmi aj účtovnými systémami.

Výhody SuperFaktúry

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Automatické upomienky a platby
• Mobilná aplikácia
• Prepojenie s e-shopmi a účtovníctvom
• Evidencia nákladov a výdavkov

Nevýhody SuperFaktúry

• Neponúka bezplatnú verziu (pokročilé funkcie len v platených balíkoch)
• Obmedzené funkcie mimo fakturácie a nákladov

Recenzie SuperFaktúry
Kajo M.: “Prehľadná moderná aplikácia na vystavovanie faktúr. Oceňujem aj funkcie ako predbežný výpočet dane alebo počítanie obratu za 12 mesiacov. Úplná spokojnosť, že som prešiel na tento softvér. ”

Zákazníci SuperFaktúry

• Veľkosť firmy: mikro a malé firmy, živnostníci (1–20 zamestnancov).
• Odvetvia: služby (účtovníctvo, marketing, poradenstvo), remeselníci, freelanceri, malé e-shopy.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

4. Pohoda

Pohoda je československý účtovný softvér, ktorý v sebe integruje aj modul elektronickej fakturácie. Je ideálna pre firmy, ktoré potrebujú komplexný systém na účtovníctvo, fakturáciu, sklad aj mzdy. Všetko z jedného miesta a v súlade s platnou legislatívou.

Výhody Pohody

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Podpora zálohových a opakovaných faktúr
• Evidencia skladov a tovaru
• Prepojenie s mzdami a účtovníctvom

Nevýhody Pohody

• Zložitejšie ovládanie (Menej intuitívne mobilné riešenie)
• Menej vhodné riešenie pre freelancerov a mikrofirmy

Recenzie Pohody

DAJONA.: “Mám skúsenosti už s viacerými účtovnými programami, ale POHODA je skutočne super, cenovo prístupná pre každého a taktiež veľmi dobrá komunikácia so zákazníckym centrom v prípade potreby. ”

Zákazníci Pohody

• Veľkosť firmy: malé, stredné aj väčšie firmy (5–100 zamestnancov).
• Odvetvia: účtovníctvo, výroba, obchod, služby, neziskové organizácie
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

5. KROS

KROS patrí medzi slovenských dodávateľov účtovného a ekonomického softvéru a ponúka aj riešenie e-fakturácie. E-faktúry sa dajú vystavovať priamo v systémoch OMEGA alebo ONIX, pričom sú prepojené s účtovníctvom, skladom a ďalšími oddeleniami. Podnikatelia tak získajú kompletný prehľad o príjmoch, výdavkoch a cash flow.

Výhody KROSu

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Množstvo integrácií (účtovníctvo, sklad)
• Automatické účtovanie vystavených dokladov
• Elektronická archivácia faktúr
• Možnosť prepojenia s bankou a online platbami

Nevýhody KROSu

• Zložitejšie ovládanie oproti jednoduchým online riešeniam
• Vyššia cena licencií a pravidelných aktualizácií
• Menej vhodné riešenie pre freelancerov a mikro firmy

Recenzie KROSu

Lenka L..: “KROS je podľa mňa super voľba pre účtovníkov. Všetko mám pokope – faktúry, účtovníctvo, sklad aj prehľady a funguje to spoľahlivo. ”

Zákazníci KROSu

• Veľkosť firmy: malé, stredné aj väčšie firmy (5–100 zamestnancov).
• Odvetvia: účtovníctvo, výroba, obchod, služby.
• Pôsobenie: Slovensko, Česko.

6. MoneyERP

MoneyERP ponúka plne integrovanú e-fakturáciu s automatickou kontrolou údajov, prepojením na účtovníctvo, sklad a banku. Umožňuje vystavovanie a odosielanie faktúr, párovanie platieb a jednoduchú archiváciu dokladov. Okrem toho je to komplexné ERP riešenie, ktoré pokrýva riadenie financií, skladov, zákaziek aj procesov vo firme.

Výhody MoneyERP

• Rýchla a jednoduchá fakturácia prepojená s Peppol (podľa normy EN 16931)
• Množstvo integrácii (účtovníctvo, sklad, výroba)
• Súčasť komplexného ERP riešenia
• Automatizácia faktúr, platieb a archivácie

Nevýhody MoneyERP

• Nevhodné pre mikrofirmy a malé firmy
• Vyššia cena oproti jednoduchším riešeniam
• E-fakturácia v balíku s ostatnými službami

Recenzie MoneyERP

Pema Car..: “MoneyERP pomohol veľkoobchodu a e-shopu s autopríslušenstvom zautomatizovať sklad a fakturáciu pri každej položke. Predajcovia si pochvaľujú rýchle zadávanie objednávok a konateľ má všetky dáta vždy poruke. ”

Zákazníci MoneyERP

• Veľkosť firmy: stredné aj väčšie firmy (15–200 zamestnancov).
• Odvetvia: výroba, obchod, služby, účtovníctvo, distribúcia, e-shopy
• Pôsobenie: Slovensko, stredná Európa

Aké funkcie by mala mať e-fakturácia?

Profesionálny e-fakturačný softvér je navrhnutý tak, aby šetril čas, znížil chybovosť a splnil legislatívne požiadavky. Okrem samotného vystavenia faktúr by mal ponúkať aj pokročilé funkcie, ktoré podnikateľom uľahčujú každodennú prácu.

Hlavné funkcie e-fakturácie:

• Automatická kontrola údajov a súlad s legislatívou
• Bezpečný prenos faktúr cez šifrovanie
• Automatizované oznamovanie vybraných údajov finančnej správe podľa aktuálnych pravidiel
• Podpora viacerých mien a jazykov pre zahraničné faktúry
• Prepojenie s účtovníctvom a ERP systémami
• Rôzne možnosti úhrad vrátane online platieb
• Flexibilita pri plnení pravidiel v rôznych krajinách

Vedľajšie funkcie e-fakturácie:

• Automatické upomienky pri nezaplatených faktúrach
• Generovanie QR kódov pre rýchle platby
• Evidencia a archivácia dokladov v digitálnej podobe
• Možnosť vystavovania zálohových a opakovaných faktúr
• Prepojenie s bankovými účtami a párovanie platieb
• Prehľadné štatistiky a reporting cash flow
• Integrácia s e-shopmi a skladovým hospodárstvom
• Mobilný prístup k fakturácii

Koľko stojí e-fakturácia? Bezplatné a platené riešenia

Bezplatné riešenia
Mnohé e-fakturačné programy ponúkajú bezplatný balík so základnými funkciami. Sú vhodné najmä pre živnostníkov alebo menšie firmy, ktoré potrebujú len rýchlo vystaviť a odoslať faktúru bez pokročilých integrácií.

E-fakturáciu zadarmo vám ponúka aj FLOWii, ktoré okrem fakturácie prináša aj ďalšie užitočné nástroje pre podnikanie. Vyskúšať si ju môžete na 5 dokladoch, ktoré sú zadarmo. 

Platené riešenia
Platené verzie prinášajú viac možností. Automatizované upomienky, prepojenie s účtovníctvom, bankou či skladom, reporting a zákaznícku podporu. Cena sa zvyčajne pohybuje od 5 do 30 eur mesačne podľa rozsahu funkcií a počtu užívateľov.

Ako prejsť na e-faktúru na Slovensku?

Tu je krátky návod, ako plynulo prejsť na slovenskú e-fakturáciu:

1. Overte si, či váš aktuálny fakturačný program online podporuje e-fakturáciu vo formáte podľa EN 16931 a komunikáciu cez Peppol alebo cez certifikovaného poskytovateľa doručovacej služby.
2. Ak nie, vyberte si nový e-fakturačný program, ktorý je kompatibilný s požiadavkami Finančnej správy.
3. Nastavte v ňom firemné údaje, bankové spojenie a DPH údaje podľa legislatívy.
4. Otestujte vystavenie a odosielanie e-faktúr v elektronickom formáte (XML/UBL/CII XML).
5. Zabezpečte archiváciu faktúr v súlade so zákonom.
6. Zaškolte zamestnancov a účtovníkov, aby vedeli e-faktúry správne vystavovať a spracovávať.

Kde nájdem zoznam certifikovaných digitálnych poštárov pre e-fakturáciu?

Aktuálny zoznam certifikovaných poskytovateľov doručovacej služby, teda digitálnych poštárov pre e-fakturáciu, nájdete na oficiálnom portáli Finančnej správy: Zoznam certifikovaných poskytovateľov.

Potrebujem školenie k e-fakturácii?

Nie vždy. Ak používate systém s jednoduchým nastavením a jasným postupom, e-fakturáciu zvládnete aj bez školenia. Pri FLOWii vám pomôže praktický návod krok za krokom, od nastavenia digitálneho poštára až po prijímanie a odosielanie e-faktúr.

Hlavné závery

Výber správneho e-fakturačného softvéru závisí od veľkosti firmy aj od konkrétnych potrieb. Iné riešenie bude vyhovovať účtovníkom a väčším spoločnostiam, iné zase živnostníkom či menším firmám, ktoré hľadajú jednoduché a rýchle riešenie. Tu sú hlavné odporúčania na najlepšie e-fakturačné programy na Slovensku:

Veríme, že vám tento článok uľahčí prípravu, a držíme palce pri hladkom prechode z bežnej na elektronickú fakturáciu. Aj keď je e-fakturácia stále vo fáze príprav, dostupné informácie sú zatiaľ len predbežné a môžu sa zmeniť.

FAQ - Najčastejšie otázky podnikateľov o e-fakturácii